梗概：
春秋战国出名侠士聂政，看到韩国君无道，生灵涂炭，在老友严仲子搀扶帮助下，刺杀韩王，却使奸臣韩傀逃命，为了不扳连别人，聂政他杀身亡。严仲子拼命盗出聂政尸体厚葬，并将聂政留下一把缩骨剑及一本记载着奥秘诱导基因的著做埋进蝴蝶迷谷。
时间移到1995年夏，武夷山生物夏令营少年科学家胭脂玉、淘气鼠在教师东方子英率领下收罗生物标本时，不测发现灭绝三千年珍贵蝴蝶——金粉红蝴蝶，此蝶由神龟改变而来。胭脂玉在金粉红蝴蝶和神龟的诱导下，发现了二千年前聂政留下的书剑。同时在东方子英教师的启发和诱导下，他和伙伴顺风耳等发现了“思维黑箱”之迷，那对思维科学研究来说是一场大打破，轰动了结合国科教文组织一批科学家来华察看，引起一场悬殊大辩论。
在将来时空里，有一座孤岛——达拉门森岛，昔时韩傀已成岛上专制总督。为了把世上所有财产全数占为已有，他亲身研究土壤若何变成宝石尝试，但都告失败了。当传闻“思维黑箱”能帮他处理那问题时，他展开一系列功恶活动，并派他女儿哈娜公主率领两名武士——白狐、猎女倒回现代时空，寻找胭脂玉，胭脂玉却在将来时空中的蝴蝶迷宫碰到聂莹，因为误了和科学家辩论时间，她的教师东方子英被子逼告退。她男伴侣屡次寻找她却无成果。胭脂玉借助红蝴蝶的功力，思维能越来越聪明起来。
哈娜公主屡次和她停止比赛，都告失败，韩傀一怒之下命令炸毁蝴蝶迷宫。为了彻底打败韩傀一伙恶势，胭脂玉和聂莹联手闯进达拉门森总督府，成了三千年一对刺客。最初，在蝴蝶和神龟搀扶帮助下，正义毕竟战胜了险恶，天狼被覆灭，可是东方子英教师在也不克不及回到地球了。
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