专利权归属纠纷与专利申请权纠纷虽然有相似之处，但它们是 两类不同的专利纠纷。其主要区别表现在以下几个方面：
1。 争议发生的时间不同
专利申请权纠纷发生在专利申请过程中，或者专利申请后，授 予专利权之前，而专利权归属纠纷则发生在授予专利权之后。
2。 争议的发明创造所处的法律状态不同
专利申请权纠纷争议的发明创造正处在专利申请或者审批过程 中；而专利权归属纠纷争议的发明创造已经国务院专利行政部门公 告，并获得专利权。
3。 争议的焦点不同
专利申请权纠纷争议的是谁有权申请专利；而专利权归属纠纷 争议的则是对已经批准的专利权应当归谁所有，即谁是真正的专利 权人。
4。 处理结果不同
专利申请权纠纷解决后，国务院专利行政部门只需在专利申请 文件中对申请人或发明人、设计人作出变更，审查便可以继续进 行；专利权归属纠纷解决后，国务院专利行政部门将依据人民法院 的生效判决，在专利公报上公告专利权人的姓名或名称、地址的变更。
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