在一个晚霞照映的海面上，漂浮着一艘拆载着炸弹的谜一般的船只。经断定，那艘船上留下的物品绝非日本的。那条信息促使日本全国陷进严重……
京都府舞鹤市港海域，日本海上侵占队举行了能够让一般公众搭乘宙斯盾摈除舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦查团等人也参与了活动，与全国各地聚集来的孩子们一同，被配备了电子武拆的高科技战舰带来的浩荡气概气派所震动。
突然，浩荡的爆炸声响起，严重不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾舰遭遇不明仇敌的袭击，演习酿成疯狂的现实！不久，海面上漂浮着的失往左臂的侵占队队员遗体被察觉。因不安而恐惧的兰与侦查团等人，在侵占队员的沉着处置下平静下来，但是仍不晓得犯人的目标安在。
在船上察觉了遇害队员的左手，时间停行在5:30 AM……针对反常情形，大阪、京都府的公安们也乘曲升机前去起初查询拜访，而船上，却呈现了本不应乘坐宙斯盾舰的谜一样的女侵占官——藤井七海的身影……
挺身而出展开搜寻的柯南，依靠逃踪眼镜、新道具卫星德律风手表，在灰原、阿笠博士，以及在大阪的服部、和叶的搀扶帮助下，得知某国间谍“X”已然潜进了舰内。
那个间谍“X”到底是谁？和那艘可疑船只、消逝的侵占队成员左臂、谜一样的女性侵占官又有什么联系关系？
更令人震动的是，间谍的标的目的竟然是日本全国！此次航海隐躲的浩荡阴谋，远远超出了想象，将震动日本全境！间谍“X”的致命芒刃已然对准小兰！“绝对要找到我哦……因为新一，是名侦查嘛！”彼此交换的誓约，誓死守护的伙伴。
柯南将于与看不见的仇敌停止情报战，面对危浪绝海的告急使命！
侦查VS间谍，谁将胜出？！。
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