1999年
*129 来自暗中组织的女子 大学传授杀人事务
130 竞技场无区别胁迫事务（上集）
131 竞技场无区别胁迫事务（下集）
132 魔术喜好者杀人事务（事务篇）
133 魔术喜好者杀人事务（迷惘篇）
134 魔术喜好者杀人事务（处理篇）
135 消逝的凶器搜刮事务
136 蓝色古堡搜刮事务（上集）
137 蓝色古堡搜刮事务（下集）
138 最末播映杀人事务（上集）
139 最末播映杀人事务（下集）
140 SOS！步美传达的讯息
141 成婚前夜密屋事务（上集）
142 成婚前夜密屋事务（下集）
143 迷惘的天体看测
144 上野动身的斗极星3号（上集）
145 上野动身的斗极星3号（下集）
146 本厅刑事的爱情物语（上集）
147 本厅刑事的爱情物语（下集）
148 地上电车告急煞车事务
149 游乐园高空弹跳事务
150 汽车爆炸事务的本相（上集）
151 汽车爆炸事务的本相（下集）
152 神异白叟失踪事务
153 园子的夏季海滩冒险物语（上集）
154 园子的夏季海滩冒险物语（下集）
155 水中的钥匙密屋事务
156 本厅刑事的爱情物语2（上集）
157 本厅刑事的爱情物语2（下集）
158 缄默的环状线
159 诡异的五重塔传说（上集）
160 诡异的五重塔传说（下集）
161 流过流水亭的杀机
*162 飞机空中密屋！工藤新一的初次的办案#
163 月亮、星星与太阳的奥秘（上集）
164 月亮、星星与太阳的奥秘（下集）
165 少年侦查队消逝事务
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事务篇）#
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（迷惘篇）#
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（处理篇）#
169 维纳斯之吻
170 暗中之中的死角（上集）
171 暗中之中的死角（下集）
172 新生的灭亡讯息（上集）
173 新生的灭亡讯息（下集）
2000年
*174 二十年后的杀机 圣佛尼号持续杀人事务
175 被杀了四次的汉子
176 与暗中组织的再会（灰原篇）
177 与暗中组织的再会（柯南篇）
178 与暗中组织的再会（处理篇）
179 咖啡厅卡车突然碰进事务
180 红色的杀机夜想曲（上集
181 红色的杀机夜想曲（下集）
182 第九个门大搜寻
183 求助紧急的处方笺
*184 咒骂面具的嘲笑#
185 被狙击的名侦查（上集）
186 被狙击的名侦查（下集）
187 在暗中中传出的神异枪声
188 危命的新生 洞窟内的侦查团
189 危命的新生 负伤之下的名侦查
190 危命的新生 第三个抉择
191 危命的新生 黑衣骑士
192 危命的新生 新一回来了
193 危命的新生 约定的场合
194 别有玄机的八音盒（上集）
195 别有玄机的八音盒（下集）
196 看不见的凶器．小兰的初度推理
197 超等汽车陷阱（上集）
198 超等汽车陷阱（下集）
199 嫌疑犯˙毛利小五郎（上集）
200 嫌疑犯˙毛利小五郎（下集）
201 第10个乘客（上集）
202 第10个乘客（下集）
203 伊卡尔斯的黑色之翼（上集）
204 伊卡尔斯的黑色之翼（下集）
205 本厅刑事的爱情物语3（上集）
206 本厅刑事的爱情物语3（下集）
207 完美的名推理
*208 朝向迷宫的进口．巨神像之怒#
209 龙神山坠落事务
210 五彩传说的水底龙宫（上集）
211 五彩传说的水底龙宫（下集）
212 松茸、熊与侦查队（上集）
213 松茸、熊与侦查队（下集）
214 演讲厅神异事务
215 复仇的海湾（上集）
216 复仇的海湾（下集）
217 目暮尘封的奥秘（上集）
218 目暮尘封的奥秘（下集）
2001年
*219 名侦查的会集！新一vs怪盗KID #
220 不断说谎的拜托人（上集）
221 不断说谎的拜托人（下集）
222 人鱼又再度哭抽泣（事务篇）#
223 人鱼又再度哭抽泣（推理篇）#
224 人鱼又再度哭抽泣（处理篇）#
225 买卖茂盛的奥秘
226 肉搏游戏的陷阱（上集）
227 肉搏游戏的陷阱（下集）
228 潜躲杀机的陶艺教室（上集）
229 潜躲杀机的陶艺教室（下集）
230 诡密的乘客（上集）
231 诡密的乘客（下集）
232 公寓坠落事务
233 无法消亡的证据（上集)
234 无法消亡的证据（下集）
235 卧室的酒窖
236 南纪白滨的神异之旅（上集）
237 南纪白滨的神异之旅（下集）
238 大阪3K事务（上集）
239 大阪3K事务（下集）
240 新干线护送事务（上集）
241 新干线护送事务（下集）
242 元太少年的灾难
243 毛利小五郎的冒充者（上集）
244 毛利小五郎的冒充者（下集）
245 向日葵馆的枪声
246 缠在网子中的谜团（上集）
247 缠在网子中的谜团（下集）
248 治愈之森的不在场称证明
249 偶像们的奥秘（上集）
250 偶像们的奥秘（下集）
251 OK牧场的悲剧
252 在丹青里面的绑架犯
253 本厅刑事的爱情物语4（上集）
254 本厅刑事的爱情物语4（下集）
255 松江玉造连句十四回合分高下（上集）
256 松江玉造连句十四回合分高下（下集）
257 十分希罕的天谴 动画原创
258 来自芝加哥的须眉（上集）
259 来自芝加哥的须眉（下集）
260 摇动的餐馆
261 降雪之夜的恐惧传说（上集）
262 降雪之夜的恐惧传说（下集）。