性分化反常的原因有良多，大大都是性染色体反常形成的。常见的有： 第一，染色体性别反常。寡所周知，男性染色体是46XY，女性是46XX，但有可能因某种原因，染色体发作变异，呈现47XX或45XY等，于是性别畸形就呈现了。 第二，性别反常。因为性腺分化不一般，如卵巢、睾丸等“错位”，会呈现“两性人”。 第三，患了某些病，半途变性。好比，女性患肾上腺病，脑垂体长瘤，就可能因雄性激素排泄过多，而“半路”变性。有的母亲怀孕时食了雄性激素，也可能使原来怀着的女孩出生后呈现男孩特征。 别的，外生殖器反常，也随便被人误做“两性人”。小儿外生殖器反常次要有隐睾(睾丸躲在腹腔里)和尿道下裂两种，那两种情状很随便把男性当成女的。在母亲怀孕过程中胚胎性腺发育时，遭到情况因素影响，激素排泄紊乱，也可能招致性腺发育不一般，如染色体为XY，表型为女性。
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