哭庙案，发作于顺治十八年的“抗粮哭庙”事务，金圣叹与焉，并死于此次事务。
颠末
顺治十八年，顺治驾崩，哀诏于二月一日下达吴县，府衙设灵举悲伤哭三日，此时苏州发作了汗青上的「抗粮哭庙」案。顺治十七年新任吴县县令任维初，私取公粮三千余石，又拘捕交不出补仓粮的老苍生。
以金圣叹为首的几个秀才，因同情农人的遭遇，写了“揭帖”到哭灵场合控告县官，金圣叹将锋芒指向偏护手下的巡抚墨治国，〈哭庙文〉写道：“顺治十八年二月初四，江南生员为吴充当维初，胆大包天，欺世灭祖，公开破千百年来之端方，置圣朝仁政于掉臂，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。
功行发指，民情沸腾。读书之人，食国度之廪气，当以四维八德为仪范。不意竟出衣冠禽兽，如任维初之辈，生员愧色，宗师无光，遂往文庙以哭之……”。墨治国大为震怒，当场拘捕了倪用宾等五名秀才。
金圣叹第二天联络更多的群寡往哭庙抗议，但他并没有呈现在排场中。
金圣叹在哭庙案中，是被连累的，被拘捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁看生、墨时若、墨章培、周江、徐介、叶琪等人，此中并没有他。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮补，金圣叹高唤先帝，被掌二十巴掌。墨治国将哭庙文的草拟人金圣叹做为首犯逮捕，冠以「摇动听心倡乱，殊于法律王法公法」之功，最初倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、束献琪、丁看生、墨时若、墨章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死功，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。
《辛丑纪闻》记载：“至辰刻，狱卒于狱中取出功人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人看者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处罢了。”据《哭庙纪略》记载，沈大章由其叔收尸，倪用宾、薛尔张、周江三人由顾予咸收葬；其余十四人则由亲人收葬。
“江南奏销案”、“哭庙案”和“通海案”，合称“江南三大案”。顺治末年，连续串发作的“丁酉科场案”、“通海案”、“江南奏销案”、“哭庙案”、“庄氏史案”是清人进关实行“外族统治”一定的成果，所谓“朝廷有意与世家有力者为难，以威劫江南人也”（《研堂见闻杂记》）。