“厂卫”制度控制下的大明王朝，无数朝臣枉死，其中很多是忠臣良将、朝廷栋梁。而他们的被害，更是严重地消耗了明王朝的元气。方孝孺是明初著名学者、文学家、思想家，官至文学博士，曾做过建文帝的老师。他为人忠正，人品和学识名扬天下。明成祖朱棣发动政变夺取皇位（史称“靖难之役”）后，方孝孺誓死不为朱棣草拟继位诏书，并当面斥责其篡位行径。
朱棣恼羞成怒，命令残忍的锦衣卫力士将方孝孺嘴角割开，撕裂到耳根，然后拖到闹市凌迟处死。此后，朱棣还命令东厂和锦衣卫分头搜捕方孝孺的家眷和亲戚，连带方孝孺的学生，一共873人一并处决，创造了亘古未有的“诛十族”的灭门惨案。明世宗嘉靖年间，“厂卫”特务们又制造了“左顺门血案”。
兴献王朱祐杬的长子朱厚煻继承皇位，史称明世宗。明世 宗继位后，一直想给自己的生父尊封一个皇帝的称号，但 遭到满朝文官的反对。明世宗一意孤行，结果导致反对派 群臣集体进谏。包括九卿23人、翰林20人、给事中21人、 御史30人等220余名朝廷要臣集体跪倒在宫中左顺门外苦 谏。
明世宗命令锦衣卫逮捕了为首的几名大臣，导致局面 更加混乱。明世宗盛怒之下，下令逮捕了几乎所有进谏的 官员，并对其中的180余人处以“廷杖”。一时间，午门 之外上百人受刑，鲜血四溅，惨不忍睹。最后，竟有17名 朝廷官员被锦衣卫活活打死，创造了中国历史上又一个血 腥的记录。
明朝末年，朝政混乱，奸臣当道，“厂卫”特务更是 大行其道，迫害朝廷仅有的‘‘几根栋梁”。天启年间，明 熹宗是个天生“木匠奇才”，整日不理朝政，专心于做木 匠活儿。魏忠贤借此逐渐掌握了朝政大权。顾命大臣杨涟 和左佥都御史左光斗等直臣联名上疏弹劾魏忠贤。
事情被 魏忠贤得知，他利用“厂卫”的势力，编造杨涟等人的罪 名，并令锦衣卫将他们逮捕投入大狱。杨涟在狱中被打得 皮开肉绽，提审时根本无法坐立，只得躺在地上受审，最 终被害死在狱中。杨旌死时，尸体被土袋垒压，耳朵里被 楔入铁钉，场面十分恐怖。
左光斗同样被打得体无完肤， 面部被折磨得焦烂，无法辨认，左膝以下筋骨完全脱离， 最终惨死狱中。不只朝廷官员如此，平民百姓也无时无刻不生活在 188 •恐怖的阴影下。据《明史•刑法志》记载，同样是在明熹 宗年间，一次夜里，有四个百姓在自己家的小屋里喝酒， 其中一个人喝得有些多，张口骂了魏忠贤几句。
话还没说 完，“厂卫”特务就踹门而入，将四人逮捕入狱，并当着另三个人的面，将谩骂者凌迟处死（一说活剥了皮），其 余三个人吓得几乎发了疯。就这样，残酷的“厂卫”制度一直伴随大明王朝，直 至它灭亡。“厂卫”制度的设立意图在于加强皇权，但它 一方面残害了无数的忠良，毁坏了朝廷的根基；另一方面 助长了宦官、佞臣的气焰和权势，放大了朝廷的腐败和黑 暗。
明朝的气数在“厂卫”制度引起的激烈矛盾和内耗中 逐渐被消磨殆尽，最终无力地瘫倒在清军的铁蹄之下。无 怪乎后人说：大明不是亡于流寇，而是亡于“厂卫”。