某日，工藤大器听到了神异的旋律。那是将死之人的喘气和求救声。
“我……，不克不及丢下不管！”脱口而出的大器与发出声音的的高吼兽的心灵回响的霎时，神异的DEVICE·DIGIMON XROS LOADER呈现了！高吼兽随磨灭的旋律被收进此中，而太器则被带进了不曾了解的世界。
大器战斗着，前进着。他所期看的事实是数码世界的王者、仍是和平的再临？
故事的主线围绕少年们成为数码宝物军的批示官和敌对的数码宝物军停止战斗而展开。即“数码宝物军VS数码宝物军！空前绝后的大战即将起头！”
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