小香葱的病害次要有霜霉病、灰霉病、软腐病。霜霉病典型特征是湿润时在叶片上产生白色绒霉，枯燥时病斑变成枯斑。防治此病应掌握在发病前及时摘用72%霜霉净可湿性粉剂500倍液，64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液喷防，在发病初期及时喷58 %雷多米尔500倍液等药剂防治。灰霉病在庇护地培育提拔前提下易发作此病。典型症状是病叶上产生灰色霉层。防治此病要重视通风降湿，发病初期及时用10%速克灵烟剂，每667米2(次）用250克烟剂或用5%百菌清粉尘剂或6.5%甲霉灵超细粉尘剂，每667米2(次）用1千克。露地消费上发作灰霉病时可喷洒50%农利灵可湿性粉剂1 000倍液，40%多硫悬浮剂500倍液。软腐病受涝渍或湿度大时易发作，在发病初期及时喷洒50%D度800倍液、70%D度M或瑞毒铜600倍液、77%可杀得400倍液、硫酸链霉素、农用链霉素或新植霉素4 000倍液。
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