在《使徒行者》第25集中，警方终于成功地抓住了黑帮大佬李锐（邹兆龙饰），但他的女儿李琦（姜文悦饰）以及他所信任的另一名手下却逃脱了警方的追捕。为了寻找逃脱的李琦和手下，警察局特别成立了一个调查小组，龙Sir（陈展鹏饰）和Sam（李诗韵饰）也被调去协助调查。
小组成员们发现李琦和手下的踪迹都指向了一个新的组织，但是他们并不知道这个组织的真正面目。同时，叶翔（陈展鹏饰）和刘Sir（林峰饰）也在私下里进行着自己的调查。他们发现李琦的父亲李锐并没有被抓到最高层，反而是被另一个黑帮大佬所救走了。
另一方面，佘诗曼（佘诗曼饰）的身份也被揭穿了。她是一名被卷入黑帮的女警，对黑帮内部非常了解。为了寻找李琦和手下，她带着龙Sir和Sam深入黑帮内部进行调查。在调查的过程中，他们接触到了一个神秘的人物，这个人物似乎能够掌握一切，引发了他们的极大兴趣。
整个故事在紧张刺激的氛围中进行，每个角色的命运也在发生着微妙的变化。他们必须不断地面对各种危险和考验，才能最终找到李琦和手下的踪迹，并将他们绳之以法。
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