奶酪除了含有优质蛋白质外，还含有糖、有机酸、钙、磷、钠、钾、镁、铁、锌、脂溶性维生素A、胡萝卜素和水溶性维生素 B1、B2、B6、B12、烟酸、泛酸、生物素等营养物质(表1)，具有许多重要的生理功能，奶酪中的蛋白质含量一般为3％～40％之间，每 100克软奶酪可以为成年人提供35种蛋白质需求％～40％，每100克硬奶酪可以提供500克％～60％，奶酪的生物学价值低于全乳蛋白，但高于纯酪蛋白，因为在奶酪生产过程中需要去除乳清(含有生理价值较高的乳清蛋白)，在一些新工艺中，如超滤技术生产奶酪，可以不排出乳清，从而提高奶酪的蛋白质营养价值，奶酪生产中没有美拉得德反应，所以奶酪的必需氨基酸可以保持到原乳含量的91％～97％，制作奶酪需要微生物的发酵，在凝乳酶和微生物中蛋白酶的分解下，蛋白质形成氨基酸、肽、蛋白质等小分子物质，易于消化，蛋白质消化率达到96％～98％，另有报道称，牛奶中的酪蛋白在奶酪成熟期逐渐降解为肽和氨基酸，在细菌脱羧酶的催化下，一些氨基酸可以进一步降解。γ-氨基丁酸是由谷氨酸脱羧而来的，所以很多奶酪都含有γ- GABA，而γ-GABA是一种功能因素，具有降血压、抗惊厥、镇痛、改善脑功能、稳定精神、促进长期记忆、激活肾功能、激活肝功能等功能。
脂肪不仅给奶酪一个良好的味道和精致的味道，而且提供人体所需的一部分能量，在体内的消化率是88％～94％，与脂肪含量有关的胆固醇含量在奶酪中也较低，通常为 0～100mg/100kg，在奶酪生产过程中，大部分乳糖随着乳清排出，其余乳糖通过发酵粉尘变成乳酸，奶酪是乳糖不耐症和糖尿病患者的营养食品之一。
奶酪含有钙、磷、镁、纳等人体必需的矿物质，由于奶酪加工工艺的需要，会加入钙离子，使钙含量增加，容易被人体吸收，每100克软奶酪可满足每日钙需求的30克％～40％、磷日需求量12％～20％，每100克硬奶酪可以完全满足人们的日常钙需求，400克硬奶酪％～50％磷日需求量，近年来，由于人们意识到高浓度Na+与某些高血压疾病有关，一些制造商试图用MGCL2和KCL代替它们，因此一些制造商试图使用MGCL2和KCL NaCl，但是味道还是不够的。
表2是普通奶酪中微量元素的平均值。