在一个普通的小镇里，住着一个名叫小尼尔斯的男孩，他顽皮捣蛋，对学习毫无兴趣，还常常虐待家中的小动物，这些动物们只能默默承受他的暴行，一天，当他无意间触碰到外婆留给母亲的礼物箱时，一个小精灵从中现身，并试图捉弄他，事情的发展出乎意料，尼尔斯因此被变成了一个小人，并遭到了家中动物的欺负，这一切都是他自作自受的后果。
随后，他随着一只大雄鹅开始了一场穿越山海、充满奇遇的旅行，在这场旅行中，他经历了各种惊险刺激的冒险。
有一天，命运多舛的尼尔斯被一群乌鸦捉住，就在这时，一只常被嘲笑的乌鸦——钝钝，勇敢地冲出来救了他，却因此被乌鸦群抓走，尼尔斯不顾自身安危，毅然决然地救下了钝钝，钝钝对他表示感谢后，尼尔斯继续了他的旅程。
在旅途中，他们来到一个老鹰巢穴，发现里面有一只可爱的小雏鹰，名叫高尔果，大家都非常喜欢它，令人气愤的是，这只小雏鹰被可恶的动物园抓走了，为了救出高尔果，尼尔斯与大雁群、大雄鹅一同设法进入动物园，最终成功解救了小雏鹰。
长期的旅行让尼尔斯开始怀念家人，他渴望回家，但在他感到迷茫和沮丧时，他无意间听到了猫头鹰的对话，得知只要他安全地将大雄鹅送回家，一切就能恢复原样。
经过漫长的旅程和无数次的冒险，尼尔斯终于回到了家，当他与大雁群、大雄鹅被父母误认为入侵者并被捕捉时，他决定挺身而出为它们辩护，就在此时，他突然发现自己无法再听懂动物们的语言了，他将他的经历告诉了父母后，父母放走了大雁们，尼尔斯意识到自己已经变回了人形。
从此以后，小尼尔斯变成了一个善良、勤劳、可爱的小男孩，他学会了珍惜家人和动物们，也明白了生活的真谛和价值所在。
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