在第一集“云霄飞车杀人事件”中，工藤新一经历了惊心动魄的遭遇，他在游乐场无意间目睹了黑衣组织的非法交易，不幸被组织成员gin发现，随后，他被打晕并服下了aptx4869药物，原本以为这药物能置他于死地，但出乎意料的是，药物产生了意想不到的副作用，使得新一的身体缩小成了小学一年级的模样。
面对这突如其来的变化，新一寻求了阿笠博士的帮助，在被青梅竹马的女友毛利兰询问其名字时，他化名为江户川柯南，在博士的建议下，他寄宿在毛利小五郎家中，不仅在此解决着各种棘手的案件，还秘密调查着黑衣组织的动向。
柯南的真实身份是高中生侦探工藤新一，原本17岁的他因服下毒药而身体变小，现在约7岁，他的生日是5月4日，这一日期源于福尔摩斯与莫里亚蒂教授坠入莱辛巴赫瀑布的日子，作者青山刚昌曾表示柯南的身高会有微妙变化，虽然在小学生的群体中算是小个子，但工藤新一原本的身高是174cm，关于他的血型，虽然具体不详，但与小兰相同，曾有A型的说法实为翻译错误。
原本他住在东京都米花町的某个地址，这个地址与福尔摩斯的住址贝克街221B有着相似的日文发音，他在毛利侦探事务所生活，并在帝丹小学一年级B班就读（曾为A班时他7岁），他的手机型号也经历了从索爱W21S到索爱Xperia arc S LT18i的变迁，这一细节在漫画File.796和TV 673中有所体现。
这一系列的事件，不仅让柯南的人生轨迹发生了巨大的转变，也使得他成为了许多读者和观众心中的英雄，他的智慧、勇气和决心，使他成为了解决案件、对抗黑衣组织的关键人物。
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