尽管终南山涌现出众多名仕，但吕留良的命运却尤为凄惨，他在康熙年间离世，然而五十年后的雍正十年，他的尸身竟从墓中被拖出，遭受了清朝最为严酷的惩罚——剖棺戮尸，这一残忍的行径不仅是对他肉体的再次凌辱，更是对他生前思想的彻底否定。
更令人痛心的是，吕留良的后代子孙以及当时众多的徒弟学者，无一幸免地遭到了屠杀，这场惨剧的规模之大、惨烈之极，使其成为了清代文字狱之首。
自此之后，清朝的学者们再也不敢轻易著书立说，发表自己的学术观点，吕留良因此成为了清史思想界的一个分水岭，那些渴望研究学问、自立门户的研究者们，都将吕留良事件视为一个警醒，不敢轻易涉足禁区，而对于吕留良本人，虽然内心充满敬畏，但更多的是深深的敬重，在很长的一段时间里，学者们都把吕留良先生视为学术界的泰山北斗。
吕留良的遭遇，不仅是他个人的悲剧，更是整个清朝文化走向禁锢的缩影，自此以后，清朝再未出现过思想家，文化日益变得保守和封闭，最终导致了闭关锁国的局面，这不禁让人深思：一个时代的思想家，其命运竟然能够如此深刻地影响一个国家的文化和历史走向。
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